Menaklukkan Yerusalem, Shalahuddin masuk ke gerbang kota dengan damai. Tak ada pembantaian warga sipil. Sultan Ayyubiyah ini menjamin keselamatan dan kebebasan beribadah semua pemeluk agama. Terkecuali, pasukan Salib yang dia minta keluar dari kota. Hal pertama yang dilakukan Shalahuddin saat memasuki Yerusalem adalah mencopot tiang salib dari atas Kubah Batu.
Carole Hillenbrand dalam The Crusade: Islamic Perspective mengisahkan, sebuah salib besar dipancangkan di atas kubah batu pada masa penaklukkan Yerusalem oleh kaum Frank. Mereka menghiasi al-Aqsa dengan patung, altar, dan gambar Bunda Maria. “Ketika kaum Muslim memasuki kota itu, pada hari Jumat, sekelompok orang naik ke puncak kubah untuk menurunkan salib itu. Ketika mereka telah tiba di puncak kubah, semua orang berteriak bersama-sama,” kenang Hillenbrand.
Tentara Salib berulang kali mencoba merebut kembali Yerusalem dari tangan Shalahuddin, tetapi selalu teratasi. Hingga kematian Shalahuddin pada 1193, Dinasti Ayyubiyah masih menguasai Yerusalem. Pada masa Kesultanan Mamluk, semangat Perang Salib mulai mereda. Mamluk melakukan beberapa renovasi di kompleks al-Haram asy-Syarif.
Sekolah-sekolah fikih dibangun. Muslim dari Afrika Utara, Persia, bahkan India berbondong-bondong ke Yerusalem. Seorang ulama masyur, Ibnu Taimiyah, menulis sebuah risalah singkat tentang keutamaan mengunjungi Masjid al-Aqsa lengkap beserta adab dan doa-doanya.
Masa Ottoman al-Aqsa terus menjadi magnet dari masa ke masa. Memasuki awal abad ke-16, kekuatan baru muncul di belahan timur dunia Islam. Ialah Kekaisaran Ottoman yang beribu kota di Istanbul. Pada 1513, Sultan Selim I dari Kekaisaran Ottoman mulai merebut beberapa wilayah kekuasaan Mamluk. Tiga tahun kemudian, Yerusalem dikuasai oleh Ottoman lewat penyerahan secara damai.
Pada masa ini, Yerusalem mengalami kebangkitan baru. Ottoman mengirim gubernur, tentara, dan administrator untuk mengelola kota. Masjid Al-Aqsha mengalami rekonstruksi dan perbaikan. Selama pemerintahan putra Selim I, Sulaiman al-Qanuni, Kubah Batu benar-benar direnovasi menjadi sangat megah. Sisa-sisa peninggalan itu masih dapat dilihat hingga hari ini. [Republika]